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要查询手机号是否由本人身份证办理，可以采取以下几种方法。
1、直接拨打运营商的客服电话，通过提供手机号码和身份信息，客服人员会告知该手机号码是否由身份证办理。
2、到当地的营业厅查询，需要提供手机号码和身份证信息，工作人员会帮助查询该手机号码是否由身份证办理并查询相关身份信息。
3、通过手机APP查询，登录相关运营商的手机APP，在“我的客服”或“个人信息”等菜单中查看自己的名下手机数量及号码。
为了保护个人隐私和信息安全，建议在查询过程中提供必要的信息，避免泄露其他重要信息，如果发现自己的身份信息被他人用于办理手机号码，建议及时向运营商和公安机关报告，以避免潜在的安全风险。